清腸的目的，是要幫助腸道排出裡面累積的廢棄物。一般來說，人體本來就有自動清除有害物質的能力，因此不需要特別清腸。有時刻意清理，方法不對，甚至可能有害健康。清腸是只有在進行大腸相關手術前需要，或當身體無法自我清理時，才在醫師許可和監控下進行的。以下列出幾點胡亂清腸的壞處，希望不會再有人誤犯傷身。
瀉藥和灌洗會增加脫水等危險
有一種清腸方式是使用瀉藥，或標榜清腸用的粉末及營養品，例如如灌腸劑和花草茶。不過這種方法常常會有拉肚子的副作用，讓使用者很不舒服，還會增加脫水和電解質失衡的風險；當電解質不平衡，又可能引發頭暈、腿部痙攣及心律不整。也有報告指出，有某些草藥清腸劑與肝中毒，和再生性不良貧血(Aplastic anemia)有關，因此還是少用為妙。另一種清腸方式，是由專門人員將水管伸入肛門，直接沖洗結腸，以將廢物排出。但這種方法不但沒必要，不但很貴，又很危險。
清腸排毒減肥的效果可疑
目前尚無可信的研究，證明清腸是一種改善整體身體健康的有效方法。清腸實際的實際排毒方式和效果，沒有人知道。此外，清腸雖然可以讓人減輕幾公斤，但也只是純粹因為脫水和排便，效果是暫時的，並非解決肥胖的永久之道。
有恐造成腸病患者和孕婦麻煩
患有腎臟或心臟相關疾病的人，可能本身就有體液及電解質不平衡的狀況，若擅自清腸，可能使症狀更嚴重，特別是有克隆式症(Crohn’s disease)、潰瘍性結腸炎(Ulcerative colitis)，以及復發性憩室炎(Recurrent diverticulitis)的患者。懷孕及哺乳中的婦女，也應該避免清腸，以避免發生不必要的醫療困擾。
腸道細菌其實不髒反而重要
大腸是一個有好幾兆細菌居住在其中的環境，一旦將其大量排出，改變體內環境，人體就有可能出問題。雖然清腸不會將所有的細菌根除，但沖洗結腸的清腸方式，很有可能會造成微生物環境不平衡的情形。總之，清腸的益處尚未得到研究支持，一般健康的人是沒有必要進行的。