小孩的腸子若出問題，常見的不適症狀會有放屁、腹瀉、便祕、痙攣、噁心及嘔吐，導致的原因多元，都需要醫師花時間診斷，才能查明病因，以下是3種常見的兒童腸道疾病。
1. 對麩質過敏的乳糜瀉
最常見的兒童消化道疾病是乳糜瀉(Celiac disease)，是因為身體免疫系統對麩質過敏，使免疫系統產生反應，開始破壞小腸內部。小腸內部一旦遭破壞，身體就難以從食物中吸收維生素、礦物質等營養成分，影響小孩的整體健康及成長。麩質可在黑麥、大麥和各種小麥中發現，包含硬粒小麥、粗粒小麥粉、斯佩耳特小麥、卡姆小麥、單粒小麥、二粒小麥。有時在膠水及藥品中，也會發現麩質的蹤跡。罹患乳糜瀉後小孩無法完全痊癒，但可以透過無麩質飲食加以控制症狀。若懷疑小孩患有乳糜瀉，請尋求醫療協助。
2. 兩種發炎性腸道疾病
發炎性大腸疾病(Inflammatory bowel disease)，簡單來說就是小腸或大腸發炎，會使腸道腫脹且疼痛。常見的症狀為腹瀉、腹脹、胃痙攣，有時甚至會使體重減輕。發炎性大腸疾病又分成克隆氏症(Crohn’s disease)，及潰瘍性結腸炎(Ulcerative colitis)兩種。
克隆氏症可能影響消化道的任何地方，受影響的區塊變厚，形成如鵝卵石一般的表面。依發病處，症狀可能是胃痛、嘔吐、食慾不振、血性腹瀉、發育不良或口腔潰瘍。潰瘍性結腸炎與克隆氏症雷同，不過影響的區塊僅限於結腸(為大腸的一部分)，會使該部位出現傷口或裂痕。
治療發炎性大腸疾病的方法包含抗感染藥物、免疫制劑及營養補充品(為補充無法從食物中攝取的特殊養分)，大部分的人最後也都需要透過手術來控制病情。家長了解此病的症狀能幫助醫師進行診斷，也能避免小孩的病情突然爆發。 3. 反覆發作的腸躁症
腸躁症(Irritable bowel syndrome)是最常見的消化道疾病之一，是一種會長期影響小腸及大腸的疾病，讓結腸無法預測食物殘渣通過的速度，並因不知道該從食物中吸收多少水分，導致便祕或腹瀉。腸躁症時常反覆發作，且每個人症狀都不太一樣，有時也常跟發炎性大腸疾病混淆。此症的治療方式包含改變生活習慣、減輕壓力、調整飲食，以及減少攝取可能引起發炎反應的食物。